神兽作为游戏中最强大的存在，捕捉它们需要特定的条件和策略。首先需要明确的是，所有神兽的捕捉都分布在游戏的不同阶段，包括一周目、二周目和三周目。玩家必须完成主线剧情中的关键任务才能解锁某些神兽的捕捉地点。裂空座需要在平息古拉顿和海皇牙的战斗剧情结束后，才能于天空之柱顶层遇到。类似地，部分神兽如凤王和洛奇亚，需要在抓完城都三神兽后前往116号道路的瀑布洞穴捕捉。提前了解这些触发条件可以避免盲目探索，提高游戏效率。
除了确保队伍中有足够强力的精灵用于削弱神兽血量外，还需携带合适的道具。推荐使用时间球或大师球以提高捕捉成功率，同时备足治疗道具以应对长时间战斗。某些神兽的捕捉地点设计有特殊地形，如天空之柱需要音速自行车快速通过断层，而寒冰小径则需要利用怪力术推动石块。部分神兽的捕捉还需特定技能支持，如冲浪、攀瀑或潜水，因此提前规划技能学习十分必要。
游戏中的神兽分布具有明显的区域性和层级性。关东三圣鸟（急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟）通常出现在一周目后期，分别位于寒冰小径、流星瀑布和冠军之路。二周目则开放了更多传说级神兽，如超梦需在石之洞窟获得破坏因子后前往120号道路的沉寂之窟，而三神柱（雷吉洛克、雷吉艾斯、雷吉斯奇鲁）则需激活海底遗迹并通过解谜触发。三周目的神兽如冥王龙基拉帝纳，则需进入反转世界并在完成特定道馆挑战后捕捉。
部分神兽如拉迪亚斯和拉帝欧斯需要通过与NPC对话或船票事件触发，而代欧奇希斯则需在诞生之岛完成三角移动谜题。游戏中的隐藏剧情和道具收集（如许愿星、冥界之花）往往是解锁神兽的关键，因此建议玩家在探索时与NPC充分互动并留意环境细节。虽然神兽捕捉过程复杂，但合理的规划和耐心能够帮助玩家逐步完成全图鉴目标。
