组合技的设计是战斗系统的核心亮点之一。通过特定忍者的技能衔接或特殊指令触发，玩家可以释放出远超单体技能效果的联合攻击。这种机制不仅还原了原著中角色之间的默契配合，也为对战策略增添了深度。例如漂泊带土的收刀与拔刀状态切换、木遁与火遁的联动，或是通过神威空间发起的虚实转换攻击，均能形成多段判定与高爆发的组合效果。部分角色的平A与技能取消机制（如强化平A接瞬身术）进一步提升了连招的流畅性。
组合技的触发方式多样，包括滑动技能键、长按释放、平A接技能取消等操作逻辑。以金鸣为例，其腾空状态下通过方向键与技能键的组合可派生抓取或浮空攻击，而二技能滑向一技能会触发短距离瞬身螺旋丸，反向操作则延长突进距离。类似的机制也存在于宇智波佐助鹰小队的千鸟锐枪后接豪火球、秽土疾风的隐身突袭等设计中。这类技能往往需要预判敌人位置或把握取消时机，对操作精度有一定要求。
部分组合技具备战术功能性，如抓取、霸体或范围控制。漂泊带土的神威业炎狱通过1技能与2技能的划动触发防反，成功后可强制将敌人吸入神威空间并造成持续伤害；而猪鹿蝶小队在原作中的经典配合（如鹿丸的影子束缚接丁次肉弹战车）在游戏中也被还原为追打连击体系。这些设计使得组合技不仅是输出手段，还能用于破解敌方防御或创造团队协作优势。
从开发角度看，组合技的平衡性体现在冷却时间与收益的权衡。多数组合技释放后会延长基础技能的冷却，或需消耗额外资源（如奥义点）。例如收刀状态下的木遁·木长枪若长按强化，冷却会增加至13秒；而神威业炎狱命中后1/2技能将进入12秒禁用状态。这种限制要求玩家在爆发与持续作战间做出选择，避免战斗节奏过于单一。
组合技的存在让忍者角色特性更鲜明，战斗层次更丰富。其设计既遵循原著设定，又通过游戏机制赋予玩家创造性发挥的空间。熟练掌握这些技巧需结合角色特性、战场局势与操作习惯，这也是火影忍者系列游戏长期保持竞技魅力的关键因素之一。
